對于第二方面的風險，船公司可以采取以下防范性保護措施：
1 、重視對托運人或租船人的資信調查。調查應包括公司資本情況、盈虧情況、公司創業資歷及開戶銀行的地址、電話和帳號。對于資信較好的托運人或承租人可以予以信任，對運費支付的條件可以放松一點，以求和客戶保持長期、穩定、良好的合作關系。而對于公司規模較小、償付能力較低、資信不良的公司則應把好關，采取其它對策。
2 、運費支付時間盡量約定在預付運費提單簽發之前或之時，因在此情況下，托運人或航次承租人交付足夠運費之前，承運人沒有任何義務簽發運費已付提單。當前國際貿易中一般都采用ｃｉｆ或ｃｆｒ價格條件，信用證一般也都要求是運費已付提單。托運人或承租人所持單證與信用證規定的單證不一致時議付行有權拒付，由此迫使其及時交付運費以結匯。
3、在信用證交易情況下，要求托運人或承租人開具以原交易的信用證議付行為開證行、承運人為受益人的信用證，或提供議付行出具的保證其向承運人支付運費的保函。由于托運人或承租人是前一信用證的受益人，他可以以前一信用證作擔保，開具以議付行為開證行、船方為受益人的信用證，銀行承擔第一性的付款義務，把商業信用轉為銀行信用，或者提供議付行出具的保函。因為托運人或承租人有信用證作擔保，他也不需再交開證押金，要求議付行開信用證是可行的，并不會帶來太多麻煩，僅僅需要支付一些手續費而已。同樣，對于要求議付行出保函也易取得議付行的同意。
4 、船方應將租船中的責任終止及留置條款明確地并入提單中。雖然多數國家都認可并入條款的效力，但為了保護善意的提單持有人，對并入條款都進行嚴格解釋，限制所并入提單的租約條款。而且責任終止條款不能通過普通語言并入提單，要想并入必須通過明確文字，因為其不屬于與提單持有人提貨有關的條件。
三、運費到期未付的補救措施
一旦運費到期未付，一些人會感到束手無策，不知如何是好，筆者認為可采取以下措施：
1 、盡快弄清情況，通過各種渠道盡快掌握拖欠運費的債務人的詳情。此時可通過船代、貨代、船舶經紀人以及買賣合同的買方、提單的另一方當事人、收貨人進行有針對性的調查。
２、在預付運費情況下，當拖欠運費的債務人資信不良、償付能力有限時，如果不采取措施，則會嚴重影響將來判決的執行。這時可直接申請訴前保全或英國marew禁令，以保全運費的收取。而且議付行審核單證有一段時間，如中國銀行審單時間為７天左右，買賣合同信用證項下的貨款還沒有支出時，可以申請當地司法機關對查得銀行帳戶予以查封、凍結。對于此種情況，從收貨人處進行了解是一個很好的途徑，從而請求法院判決要求債務人支付其拖欠的運費，這是一個特別直接的方法。但可以看出，此時關鍵是時間問題，如能較早發現托運人違約，則可及時采取措施，贏得主動，所以合同中時間的規定對事后補救的成功與否有很大作用。
3 、對于在有大公司、銀行等出具保函的情況下，則可直接向這些擔保單位施加壓力，或通過他們向拖欠運費的債務人要求支付，或者直接向當地法院起訴，此時對于運費的收取還是可以有較大把握的。
4 、當拖欠運費的債務人有對第三人的權利怠于行使，致使其財產應能增加而未增加，危害承運人運費收取之權利時，債權人可代位行使債務人的權利，以增加債務人的財產，從而使其權利得以實現。如果拖欠運費的債務人實施的法律行為，使其履行義務的財產不當減少從而危及作為債權人的船公司的利益時，船方可申請法院撤銷拖欠運費的債務人的法律行為，恢復債務人的財產，使自己收取運費的權利得以實現。
5 、對于到付運費或提單中明確規定承運人可以行使留置權或者租船合同中的責任終止和留置權條件明確有效地并入提單中時，則在目的港可以行使海上貨物留置權。如債務人仍然不支付運費，船方可直接留置貨物按程序進行拍賣、變賣，從價款中優先受償。
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