加工貿易貨物監管辦法第九條對加工貿易貨物的保管提出了具體的要求，【加工貿易企業應當將加工貿易貨物與非加工貿易貨物分開管理。加工貿易貨物應當存放在經海關備案的場所，實行專料專放。企業變更加工貿易貨物存放場所的，應當事先通知海關，并辦理備案變更手續?！咳湓挘龑雍x。
第一是保稅和非保稅產品分開管理。最簡單的理解是分開倉庫管理，但在實際生產中，為了提高生產效率，保稅和非保稅料件是放在同一個場所保管的。所謂分開管理包括系統區分管理和物理區分管理。系統區分管理指的是所有料件都有料號管理，根據料號就可以區分保稅和非保稅料件。物理區分指的是用各種形式的貨架，按料號分別管理料件，即便是在同一個倉庫，甚至是同一個貨架，保稅料件和非保稅料件都分別在不同位置保管。
第二是要存放在經海關備案場所。加工貿易企業經海關備案場所通常指的是企業的生產場所也就是廠房。還有企業經海關備案的其他外部倉庫。保稅料件要存放在上述場所。
第三是變更保稅料件存放場所要經海關備案。例如現有廠房已經沒有足夠的保存空間了，要將保稅料件保存在廠房以外的倉庫，就需要事先向海關提出備案，獲得許可后才將保稅料件存放在外部倉庫。
2023年1月深圳海關對深圳某科技公司進行例行核查，違反海關監管規定，在備案地址外存放保稅貨物，折算保稅料件價值1000萬元。海關根據《中華人民共和國海關行政處罰實施條例》 第十二條、第十八條第一款第四項的規定。對企業實施了處罰。
參考：海關行政處罰實施條例相關內容
第十八條 有下列行為之一的，處貨物價值5%以上30%以下罰款，有違法所得的，沒收違法所得：
(四)經營保稅貨物的運輸、儲存、加工、裝配、寄售、展示等業務，不依照規定辦理收存、交付、結轉、核銷等手續，或者中止、延長、變更、轉讓有關合同不依照規定向海關辦理手續的；
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